Trzeciorzedowa struktura - jak sie zaklada - stabilizowana jest przez oddzialywania hydrofobowe. Nie ma ogolnej teorii opisujacej tego typu interakcje. Model zaproponowany podejmuje ten temat wprowadzajac tzw pole wewnetrzne (oddzialywania typu pair-wise miedzy atomami molekuly) oraz obecność pola zewnętrznego - głównie środowiska wodnego. Otoczenie traktowane jest jako pole nakierowujące proces faldowania w kierunku generowania jadra hydrofobowego. Proces faldowania jest wiec postrzegany jako kompromis pomiędzy tymi dwoma czynnikami, których zapis matematyczny oraz podstawy dla ich wprowadzenia będzie podany.