Seminarium „Biologia obliczeniowa i bioinformatyka”

Organizatorzy

• prof. dr hab. Anna Gambin
• dr Aleksander Jankowski
• dr hab. Bartosz Wilczyński, prof. ucz.

Informacje

Strona domowa

Dziedziny badań

• Biologia obliczeniowa i bioinformatyka

Lista referatów

• 25 stycznia 2023 10:15
  Michał Ciach (MIM UW)
  The interkingdom gene transfer in 44 basal fungi and the open problems in large scale phylogenetic studies of horizontal gene transfer
  

  ---

• 18 stycznia 2023 10:15
  Agnieszka Geras (MiNI PW; MIM UW)
  A novel probabilistic model for cell type identification in spatial transcriptomics and single-cell RNA sequencing data
  

  ---

• 11 stycznia 2023 10:15
  Barbara Poszewiecka (MIM UW)
  From 48 to 46 chromosomes: a novel targeted assembler of segmental duplications unravels the complexity of the HSA2 fusion
  

  ---

• 21 grudnia 2022 10:15
  Marcin Możejko (MIM UW)
  Set and graph auto-encoders for the IMC data
  

  ---

• 14 grudnia 2022 10:15
  Szymon Nowakowski (MIM UW)
  AlphaFold2 from the engineering perspective
  

  ---

• 7 grudnia 2022 10:15
  Paweł Górecki (MIM UW)
  Rooting gene trees via phylogenetic networks (COCOON 2022 paper with N. Rutecka and J. Tiuryn)
  

  ---

• 30 listopada 2022 10:15
  Marta Stępniewska-Dziubińska (NVIDIA)
  Deep Learning for Drug Discovery at NVIDIA
  

  ---

• 23 listopada 2022 10:15
  Aleksandra Cabaj (Nencki Institute of Experimental Biology)
  Modelling the impact of Hypoxia Inducible Factors binding on gene expression in human endothelial cells during hypoxia
  

  ---

• 16 listopada 2022 10:15
  Michał Burdukiewicz (Autonomous University of Barcelona)
  The impact of negative data sampling on antimicrobial peptide prediction
  Peptydy to krótkie łańcuchy aminokwasowe, które pełnią wiele ważnych biologicznych funkcji (np. przeciwdrobnoustrojowe). Z tych względów badacze poszukują nowych peptydów o potencjalnie istotnych funkcjach, co jednak jest bardzo czaso- i kosztochłonne w warunkach laboratoryjnych. Dlatego …

  ---

• 9 listopada 2022 10:15
  Ewa Szczurek (MIM UW)
  Deep optimized generation methods and models for antimicrobial peptide discovery (mock ERC interview)
  

  ---

• 26 października 2022 10:15
  Martin Vingron (Max Planck Institute for Molecular Genetics)
  "Association Plots" and joint clustering and embedding of genes and cells
  Single-cell transcriptome analysis poses many problems in visualizing and analyzing data. Based on the geometric interpretation of correspondence analysis biplots we define "Association Plots" to depict genes that characterize ("are associated with") a cluster of …

  ---

• 19 października 2022 10:15
  Jakub Karasiński; Piotr Radziński (CNBCh UW; MIM UW)
  Ideas on the isotope ratio measurements by MC-ICP-MS: Elimination of isotope standard
  

  ---

• 12 października 2022 10:15
  Grzegorz Skoraczyński (MIM UW)
  Alignstein: optimal transport and retention time alignment
  

  ---

• 5 października 2022 10:15
  -
  Organizational meeting
  

  ---

• 15 czerwca 2022 10:15
  Norbert Dojer (MIM UW)
  Cross-correlation analysis of optical mapping data
  

  ---