BioSeqDB - obsługa dużych danych genomowych w kontekście relacyjnym

Prelegent(ci)

Piotr Styczyński

Afiliacja

MIMUW

Język referatu

polski

Termin

16 grudnia 2025 10:15

Pokój

p. 4060

Seminarium

Seminarium "DeSeR: Dane, strumienie, rozpraszanie"

---

W ramach prezentacji przeprowadzę krótki wstęp z podstawowych pojęć związanych z pracą analityczną z danymi pochodzącymi z sekwencjonowania nowej generacji. Przedstawię też listę realnych problemów powstałych w efekcie tej pracy na podstawie przykładów z mojego startupu kilka lat temu. Omówię szablon nowoczesnych algorytmów do dopasowania sekwencji (sequence alignment) na podstawie popularnych rozwiązań tj. minimap2, mmseqs2, Blast+ Następnie zajmę się opisem wyników własnego narzędzia do alignmentu stworzonego jako prototyp. Na koniec omówię też następne kroki i plan integracji z Postgresem.

---