Analiza macierzy kontaktów chromosomowych: co, jak i dlaczego?

Prelegent(ci)

Bartek Wilczyński

Afiliacja

Uniwersytet Warszawski

Termin

8 czerwca 2017 14:30

Pokój

p. 2180

Seminarium

Kolokwium Wydziału MIM UW

---

Od kilku lat biolodzy wykorzystują nowe techniki eksperymentalne do badania struktury przestrzennej chromosomów. Jest to zadanie trudne, bo nie można tej struktury badać bezpośrednio pod mikroskopem ze względu na ograniczenia dyfrakcyjne. Powstaje więc problem wydedukowania struktury przestrzennej chromosomów z macierzy kontaktów pomiędzy fragmentami chromosomów. Jest to problem nowy, choć podobne problemy były rozważane w przypadku struktur białek. Istotną różnicą jest tu brak rozwiązania w postaci pojedynczej struktury, zakładane jest raczej, że odpowiedzią jest mieszanka pewnej rodziny struktur. W związku z tym otwiera się duże pole do możliwych sformułowań problemów matematycznych, gdzie na wejściu mamy zestaw macierzy kontaktów a odpowiedzią jest jakiś przybliżony opis klasy struktur kompatybilnych z danymi. W swoim referacie opowiem o naszych doświadczeniach we współpracy z eksperymentatorami, przedstawię elementarny opis zadania i pokażę kilka przykładowych częściowych rozwiązań.

---

• Prezentacja