BioSeqDB - obsługa dużych danych genomowych w kontekście relacyjnym

Speaker(s)

Piotr Styczyński

Affiliation

MIMUW

Language of the talk

Polish

Date

Dec. 16, 2025, 10:15 a.m.

Room

room 4060

Seminar

Seminarium "DeSeR: Dane, strumienie, rozpraszanie"

---

W ramach prezentacji przeprowadzę krótki wstęp z podstawowych pojęć związanych z pracą analityczną z danymi pochodzącymi z sekwencjonowania nowej generacji. Przedstawię też listę realnych problemów powstałych w efekcie tej pracy na podstawie przykładów z mojego startupu kilka lat temu. Omówię szablon nowoczesnych algorytmów do dopasowania sekwencji (sequence alignment) na podstawie popularnych rozwiązań tj. minimap2, mmseqs2, Blast+ Następnie zajmę się opisem wyników własnego narzędzia do alignmentu stworzonego jako prototyp. Na koniec omówię też następne kroki i plan integracji z Postgresem.

---