- Speaker(s)
- Mateusz Banach
- Affiliation
- Uniwersytet Jagielloński
- Date
- April 12, 2013, 12:15 p.m.
- Information about the event
- 3
- Seminar
- Seminar Mathematical Models of Gene Expression and Regulatory Networks
W związku z brakiem ujednoliconego modelu dla dwóch rodzajów
oddziaływań występujących w strukturach białkowych: energii swobodnej oraz pomiędzy aminokwasami a środowiskiem wodnym (hydrofobowych), zachodzi potrzeba ich porównania. Ponieważ energia swobodna związana jest z parami atomów, natomiast hydrofobowość (opisywana za pomocą modelu Rozmytej Kropli Oliwy - Fuzzy Oil Drop) z kompletną strukturą białka, niezbędnym staje się zastosowanie algorytmu umożliwiającego wskazanie wspólnych cech obydwu rozkładów. Na źródło danych wybrany został proces symulacji dokowania typu białko-białko. Zaprezentowana zostanie metaheurystyczna metoda optymalizacji wielokryterialnej ogólnego przeznaczenia, stanowiąca modyfikację algorytmu Particle Swarm Optimization (PSO), posiadająca cechy umożliwiające jej zastosowanie między innymi w symulacjach dokowania białek pochodzących z bazy Protein Data Bank, ze szczególnym uwzględnieniem możliwości wskazywania kandydatów na kompleks. Prezentacja
będzie zawierać wprowadzenie do optymalizacji wielokryterialnej, algorytmu PSO i jego modyfikacji, przykłady wyników osiągniętych przez proponowaną metodę oraz informacje dotyczące inicjatywy CAPRI (Critical Assessment of PRediction of Interactions) - eksperymentu przewidywania powstawania kompleksów typu białko-białko.
You are not logged in |
