You are not logged in |
Return to the list of inactive seminars
Seminar Mathematical Models of Gene Expression and Regulatory Networks
Weekly research seminar
List of talks
-
June 7, 2013, 12:15 p.m.
Kamila Łyczek (Uniwersytet Warszawski)
Modele ekspresji genów zawierających opóźnienia czasowe (Modele ekspresji genów zawierających opóźnienia czasowe)
W analizowanych pracach proces ekspresji genów opisywany jest jako proces urodzin i śmierci z uwzględnieniem opóźnień. Analizowany jest głównie wpływ opóźnień na fluktuacje oraz zachowania funkcji korelacji w czasie.W pracy D. Bratsuna i innych "Delay-induced …
-
May 15, 2013, 12:30 p.m.
Bogdan Nowakowski (Instytut Chemii Fizycznej)
Fronty i impulsy w układach chemicznych - dynamika deterministyczna i stochastyczna (Fronty i impulsy w układach chemicznych - dynamika deterministyczna i stochastyczna)
W najbliższy piątek czyli 17 maja nie mamy seminarium.Natomiast zapraszamy w środę na Seminarium Zakładu Mechaniki i Fizyki Płynów
-
May 10, 2013, 12:15 p.m.
Marta Bogdał (UW i IPPT TEAM)
Type of the apoptotic logic gate determined by levels of Bad and Bcl-xL (Type of the apoptotic logic gate determined by levels of Bad and Bcl-xL)
Apoptosis is a tightly regulated process: cellular survive-or-die decisions cannot be accidental and must be unambiguous. Since the suicide program may be initiated in response to numerous stress stimuli, signals transmitted through a number of …
-
April 26, 2013, 12:15 p.m.
Dominika Nowicka (UW i IPPT TEAM)
Porównywanie sekwencji aminokwasowych: skąd się bierze rozkład punktacji za dopasowanie sekwencji aminokwasowych? (Porównywanie sekwencji aminokwasowych: skąd się bierze rozkład punktacji za dopasowanie sekwencji aminokwasowych?)
Porównywanie par sekwencji aminokwasowych jest jednym z zagadnień przydatnych dla znajdowania i weryfikacji podobieństw między białkami. Do oceny istotności statystycznej takich porównań używa się m.in. testu tasowania sekwencji aminokwasowych. Pozwala on wygenerować zmienną losową odpowiadającą …
-
April 19, 2013, 12:15 p.m.
Margaritis Voliotis (University of Bristol)
The Fidelity of Dynamic Signaling by Noisy Biomolecular Networks (The Fidelity of Dynamic Signaling by Noisy Biomolecular Networks)
Cells live in changing, dynamic environments. To understand cellular decision-making, we must therefore understand how fluctuating inputs are processed by noisy biomolecular networks. Here we present a general methodology for analyzing the fidelity with which …
-
April 12, 2013, 12:15 p.m.
Mateusz Banach (Uniwersytet Jagielloński)
Metody Particle Swarm Optimization w optymalizacji wielokryterialnej i bioinformatyce (Metody Particle Swarm Optimization w optymalizacji wielokryterialnej i bioinformatyce)
W związku z brakiem ujednoliconego modelu dla dwóch rodzajówoddziaływań występujących w strukturach białkowych: energii swobodnej oraz pomiędzy aminokwasami a środowiskiem wodnym (hydrofobowych), zachodzi potrzeba ich porównania. Ponieważ energia swobodna związana jest z parami atomów, natomiast …
-
March 15, 2013, 12:15 p.m.
Paulina Szymańska (MISDoMP UW)
Matematyczne i chemiczne podejście do pojęcia równowagi szczegółowej na przykładzie modelu Schlogla (Matematyczne i chemiczne podejście do pojęcia równowagi szczegółowej na przykładzie modelu Schlogla)
W referacie najpierw przedstawię pojęcie równowagi szczegółowej w teorii prawdopodobieństwa. Na prostych przykładach zilustruję jej związki z odwracalnością w czasie łańcucha Markowa. Następnie na przykładzie modelu Schlogla pokażę, jak rozumiane jest to pojęcie w chemii …
-
March 8, 2013, 12:15 p.m.
Aleksandra Walczak (Laboratoire de Physique Théorique Ecole Normale Supérieure)
Przetwarzanie informacji w układach regulujących ekspresję genów (Przetwarzanie informacji w układach regulujących ekspresję genów)
Wiele biologicznych układów regulacyjnych wewnątrz komórek można rozpatrywać jako elementy przekazujące informacje z wejść (np. stężenia czynników transkrypcyjnych lub innych cząsteczek sygnalizujących) do swoich produktów (np. poziom ekspresji różnych genów). W ramach ograniczeń na dokładność …
-
March 1, 2013, 12:15 p.m.
Michał Włodarczyk (Uniwersytet Warszawski)
Efektywny algorytm próbkowania rozwiązań równań różniczkowych (Efektywny algorytm próbkowania rozwiązań równań różniczkowych)
Często w modelowaniu zjawisk biologicznych dynamikę systemumożna opisać układem równań różniczkowych. Trudniej jest dobrać takie parametry równań, aby model faktycznie odpowiadał zebranym danym. W referacie przedstawię narzędzia matematyczne pozwalające efektywnie rozwiązywać powyższe problemy np. w …
-
Jan. 25, 2013, 12:15 p.m.
Joanna Jaruszewicz (IPPT)
Wybrane metody rozwiązywania równania M na przykładzie modeli genu z autoregulacją (Wybrane metody rozwiązywania równania M na przykładzie modeli genu z autoregulacją)
Omówię model genu z liniowym sprzężeniem zwrotnym z pracy Hornos et al 2005 "Self-regulating gene: An exact solution". Przedstawię zastosowaną w artykule metodę funkcji tworzących do znalezienia stacjonarnego rozkładu prawdopodobieństwa białka w układzie. Opowiem o …
-
Jan. 11, 2013, 12:15 p.m.
Irena Roterman (UJ)
W jakim stopniu środowisko wpływa na proces fałdowania się białek? (W jakim stopniu środowisko wpływa na proces fałdowania się białek?)
Trzeciorzedowa struktura - jak sie zaklada - stabilizowana jest przez oddzialywania hydrofobowe. Nie ma ogolnej teorii opisujacej tego typu interakcje. Model zaproponowany podejmuje ten temat wprowadzajac tzw pole wewnetrzne (oddzialywania typu pair-wise miedzy atomami molekuly) …
-
Dec. 14, 2012, 12:15 p.m.
Jakub Pękalski (Instytut Chemii Fizycznej PAN, Zakład układów złożonych i chemicznego przetwarzania informacji)
Self-assembly of nanoparticles into clusters and stripes (Self-assembly of nanoparticles into clusters and stripes)
Most of biologically relevant macromolecules or particles in soft-matter systems are charged and repel each other with screened electrostatic forces. On the other hand, complex solvents in biological systems may induce effective attraction between macromolecules.I …
-
Nov. 30, 2012, 12:15 p.m.
Takao Ishikawa i Radosław Stachowiak (Wydział Biologii UW)
Biologia syntetyczna (Biologia syntetyczna)
Biologia syntetyczna to nowa, niezwykle dynamicznie rozwijająca się interdyscyplinarna dziedzina nauki bazująca na biologii molekularnej i inżynierii. Celem biologii syntetycznej jest projektowanie i tworzenie sztucznych systemów biologicznych. W odróżnieniu od klasycznej biologiimolekularnej, czy też inżynierii …
-
Nov. 9, 2012, 12:15 p.m.
Bartek Wilczyński (MIM) (Uniwersytet Warszawski)
Bayesian model for genome-wide prediction of tissue-specific gene expression (Bayesian model for genome-wide prediction of tissue-specific gene expression)
Wspólne seminarium badawcze IPPT i MIMUW.I will discuss a new probabilistic approach to predict tissue specific expression genome wide. We use a Bayesian approach to find model parameters maximizing the likelihood based on genome wide …
