Seminar Mathematical Models of Gene Expression and Regulatory Networks

June 7, 2013, 12:15 p.m.
Kamila Łyczek (Uniwersytet Warszawski)
Modele ekspresji genów zawierających opóźnienia czasowe
W analizowanych pracach proces ekspresji genów opisywany jest jako proces urodzin i śmierci z uwzględnieniem opóźnień. Analizowany jest głównie wpływ opóźnień na fluktuacje oraz zachowania funkcji korelacji w czasie.W pracy D. Bratsuna i innych "Delay-induced …

May 15, 2013, 12:30 p.m.
Bogdan Nowakowski (Instytut Chemii Fizycznej)
Fronty i impulsy w układach chemicznych - dynamika deterministyczna i stochastyczna
W najbliższy piątek czyli 17 maja nie mamy seminarium.Natomiast zapraszamy w środę na Seminarium Zakładu Mechaniki i Fizyki Płynów

May 10, 2013, 12:15 p.m.
Marta Bogdał (UW i IPPT TEAM)
Type of the apoptotic logic gate determined by levels of Bad and Bcl-xL
Apoptosis is a tightly regulated process: cellular survive-or-die decisions cannot be accidental and must be unambiguous. Since the suicide program may be initiated in response to numerous stress stimuli, signals transmitted through a number of …

April 26, 2013, 12:15 p.m.
Dominika Nowicka (UW i IPPT TEAM)
Porównywanie sekwencji aminokwasowych: skąd się bierze rozkład punktacji za dopasowanie sekwencji aminokwasowych?
Porównywanie par sekwencji aminokwasowych jest jednym z zagadnień przydatnych dla znajdowania i weryfikacji podobieństw między białkami. Do oceny istotności statystycznej takich porównań używa się m.in. testu tasowania sekwencji aminokwasowych. Pozwala on wygenerować zmienną losową odpowiadającą …

April 19, 2013, 12:15 p.m.
Margaritis Voliotis (University of Bristol)
The Fidelity of Dynamic Signaling by Noisy Biomolecular Networks
Cells live in changing, dynamic environments. To understand cellular decision-making, we must therefore understand how fluctuating inputs are processed by noisy biomolecular networks. Here we present a general methodology for analyzing the fidelity with which …

April 12, 2013, 12:15 p.m.
Mateusz Banach (Uniwersytet Jagielloński)
Metody Particle Swarm Optimization w optymalizacji wielokryterialnej i bioinformatyce
W związku z brakiem ujednoliconego modelu dla dwóch rodzajówoddziaływań występujących w strukturach białkowych: energii swobodnej oraz pomiędzy aminokwasami a środowiskiem wodnym (hydrofobowych), zachodzi potrzeba ich porównania. Ponieważ energia swobodna związana jest z parami atomów, natomiast …

March 15, 2013, 12:15 p.m.
Paulina Szymańska (MISDoMP UW)
Matematyczne i chemiczne podejście do pojęcia równowagi szczegółowej na przykładzie modelu Schlogla
W referacie najpierw przedstawię pojęcie równowagi szczegółowej w teorii prawdopodobieństwa. Na prostych przykładach zilustruję jej związki z odwracalnością w czasie łańcucha Markowa. Następnie na przykładzie modelu Schlogla pokażę, jak rozumiane jest to pojęcie w chemii …

March 8, 2013, 12:15 p.m.
Aleksandra Walczak (Laboratoire de Physique Théorique Ecole Normale Supérieure)
Przetwarzanie informacji w układach regulujących ekspresję genów
Wiele biologicznych układów regulacyjnych wewnątrz komórek można rozpatrywać jako elementy przekazujące informacje z wejść (np. stężenia czynników transkrypcyjnych lub innych cząsteczek sygnalizujących) do swoich produktów (np. poziom ekspresji różnych genów). W ramach ograniczeń na dokładność …

March 1, 2013, 12:15 p.m.
Michał Włodarczyk (Uniwersytet Warszawski)
Efektywny algorytm próbkowania rozwiązań równań różniczkowych
Często w modelowaniu zjawisk biologicznych dynamikę systemumożna opisać układem równań różniczkowych. Trudniej jest dobrać takie parametry równań, aby model faktycznie odpowiadał zebranym danym. W referacie przedstawię narzędzia matematyczne pozwalające efektywnie rozwiązywać powyższe problemy np. w …

Jan. 25, 2013, 12:15 p.m.
Joanna Jaruszewicz (IPPT)
Wybrane metody rozwiązywania równania M na przykładzie modeli genu z autoregulacją
Omówię model genu z liniowym sprzężeniem zwrotnym z pracy Hornos et al 2005 "Self-regulating gene: An exact solution". Przedstawię zastosowaną w artykule metodę funkcji tworzących do znalezienia stacjonarnego rozkładu prawdopodobieństwa białka w układzie. Opowiem o …

Jan. 11, 2013, 12:15 p.m.
Irena Roterman (UJ)
W jakim stopniu środowisko wpływa na proces fałdowania się białek?
Trzeciorzedowa struktura - jak sie zaklada - stabilizowana jest przez oddzialywania hydrofobowe. Nie ma ogolnej teorii opisujacej tego typu interakcje. Model zaproponowany podejmuje ten temat wprowadzajac tzw pole wewnetrzne (oddzialywania typu pair-wise miedzy atomami molekuly) …

Dec. 14, 2012, 12:15 p.m.
Jakub Pękalski (Instytut Chemii Fizycznej PAN, Zakład układów złożonych i chemicznego przetwarzania informacji)
Self-assembly of nanoparticles into clusters and stripes
Most of biologically relevant macromolecules or particles in soft-matter systems are charged and repel each other with screened electrostatic forces. On the other hand, complex solvents in biological systems may induce effective attraction between macromolecules.I …

Nov. 30, 2012, 12:15 p.m.
Takao Ishikawa i Radosław Stachowiak (Wydział Biologii UW)
Biologia syntetyczna
Biologia syntetyczna to nowa, niezwykle dynamicznie rozwijająca się interdyscyplinarna dziedzina nauki bazująca na biologii molekularnej i inżynierii. Celem biologii syntetycznej jest projektowanie i tworzenie sztucznych systemów biologicznych. W odróżnieniu od klasycznej biologiimolekularnej, czy też inżynierii …

Nov. 9, 2012, 12:15 p.m.
Bartek Wilczyński (MIM) (Uniwersytet Warszawski)
Bayesian model for genome-wide prediction of tissue-specific gene expression
Wspólne seminarium badawcze IPPT i MIMUW.I will discuss a new probabilistic approach to predict tissue specific expression genome wide. We use a Bayesian approach to find model parameters maximizing the likelihood based on genome wide …