"Wykorzystanie nowej funkcji odleglosci w algorytmie przewidywania trzeciorzedowej struktury bialka z mapy kontaktów"

Speaker(s)

Michal Pietal

Affiliation

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej Warszawa

Date

Oct. 5, 2012, 2:15 p.m.

Room

room 5820

Seminar

Research Seminar of the Logic Group: Approximate reasoning in data mining

---

Zapraszam na pierwsze seminarium zakladu logiki w roku akademickim 2012-2013.

Tytul:
"Wykorzystanie nowej funkcji odleglosci w algorytmie przewidywania trzeciorzedowej struktury bialka z mapy kontaktów"

Referuje: Michal Pietal

Streszczenie:
Mapy kontaktów bialek i struktur RNA od lat stanowia pomocne narzedzie do analiz i wizualizacji makroczasteczek.  Informacja z mapy kontaktów jest ponadto pomocna w przewidywaniu nieznanych struktur 3D bialek lub RNA.  Spotyka sie rózne metodologie, które na podstawie mapy kontaktów bialka odtwarzaja pelnoatomowa strukture 3D z nieznacznym bledem.  Jednym z podejsc do modelowania nieznanych struktur bialek na podstawie sekwencji aminokwasowej jest przewidywanie mapy kontaktów, a nastepnie odtwarzanie struktury 3D z mapy 2D.  Podczas referatu, poza niezbednym wprowadzeniem, zostanie ukazany nowy algorytm, który na podstawie mapy kontaktów tworzy mape odleglosci w oparciu o nowa funkcje odleglosci, nastepnie z wykorzystaniem algorytmu MDS (Multi-Dimensional Scaling), tworzy euklidesowa mape odleglosci oraz proponuje zgrubny, zredukowany model atomowy.  Na koniec przedstawione zostana typowe narzedzia do modelowania, które owocuja uzyskaniem pelnoatomowego modelu 3D, w oparciu o uzyskany wczesniej zredukowany model.  Rzeczony algorytm zostal uogólniony na rozmyte mapy kontaktów, co pozwala na odtwarzanie struktur przestrzennych z sekwencji, w polaczeniu z dowolna metoda predykcji map kontaktów.  Referat bedzie ilustrowany przykladami.

---