Lab 8 (20.12.2013)

Klasyfikacja

dane Breast Cancer Wisconsin(Original)

Zadanie zaliczeniowe (proszę przesłać do mnie mailem do 9.01.2014 do godz. 23:59, 1pkt.): Wybrać jeden (inny niż omawiany na zajęciach, przeanalizować należy przynajmniej 6 kolumn) zbiór danych spośród zbiorów wymienionych tutaj.

zbudować klasyfikator metodą lasów losowych
przeanalizować klasyfikator metodą walidacji krzyżowej
omówić klasyfikator (podać istotność jego współczynników)

Proszę przesłać kod w R wraz z komentarzem oraz zaprezentować otrzymane wyniki. Wyniki proszę omówić w krótkim (max. 2 strony) raporcie. UWAGA: proszę być przygotowanym na przedstawienie rozwiązania.

Lab 7 (13.12.2013)

Ukryte łańcuchy Markowa

łańcuch Markowa
ukryty łańcuch Markowa
algorytm Viterbiego
pakiet HMM (initHMM, simHMM, viterbi)

Zadanie zaliczeniowe (proszę przesłać do mnie mailem do 19.12 do godz. 23:59, 1pkt.): Na podstawie Fig.1 z artykułu: zbudować łańcuch Markowa i za pomocą algorytmu Viterbiego znależć najbardziej prawdopodobną ścieżkę stanów.

Lab 6 (6.12.2013)

Motywy, zawartość informacyjna

entropia, zawartość informacyjna
sequence logo
pseudozliczenia

Zadanie zaliczeniowe (proszę przesłać do mnie mailem do 12.12 do godz. 23:59, 1pkt.): Na podstawie pliku z motywami: wybrać za pomocą (omówionej na zajęciach) metody zachłannej orientację motywów maksymalizującą zawartość informacyjną. Jako model tła można wybrać równą częstotliwość występowania nukleotydów.

Proszę przesłać kod w R wraz z komentarzem oraz zaprezentować otrzymane wyniki. UWAGA: proszę być przygotowanym na przedstawienie rozwiązania na zajeciach.

Lab 5 (29.11.2013)

Regresja liniowa

przydatne materiały:

Skrypt o regresji (Faraway)

lm, plot.lm, interpretowanie modeli
kryteria AIC i BIC do porównania modeli
testy statystyczne:

Zadanie zaliczeniowe (proszę przesłać do mnie mailem do 5.12 do godz. 18, 0.5pkt.):

wybrać zmienną objaśnianą (Y) z pierwszych 4 kolumn; pozostałe kolumny (w ew. tym kolumna 5) będą zmiennymi objaśniającymi (X)
zbudować model liniowy (ze stałą)
sprawdzić, czy spełnione są założenia o normalnym rozkładzie residuów - qqnorm, shapiro.test
omówić model (które czynniki są w nim istotne, pokazać wybrane wykresy diagnostyczne)

Wyniki należy przedstawić w krótkim raporcie (do 2 stron). Do zadania dołączyć kod w R wraz z komentarzem (nie wlicza się do długości raportu). UWAGA: proszę być przygotowanym na przedstawienie rozwiązania na zajeciach.

Lab 4 (22.11.2013)

Testy statystyczne

przydatne materiały:

Skrypt (Krijnen)

Skrypt o regresji (Faraway)

instalowanie pakietów z Bioconductora i R-cran (install.packages), polecenie library
pakiet Biostrings - pairwiseAlignment
p-wartość
testy statystyczne: Z-test, t-test

Zadanie zaliczeniowe (proszę przesłać do mnie mailem do czwartku 28.11 do godz. 18ej, 0.75pkt.): Napisać funkcję, która dla zadanych dwóch sekwencji aminokwasów i liczby N policzy p-wartość uliniowienia globalnego tych sekwencji algorytmem Needlemana-Wunscha. Funkcja ma wygenerować N losowych par sekwencji odpowiadających długościami sekwencjom wyjściowym. Proszę zaprezentować i omówić działanie tej funkcji dla wybranych par sekwencji (np. dość podobnych/różnych). Czy wyniki są zgodne z oczekiwaniami?

Do rozwiązania trzeba dodać kod (wraz z komentarzem, przypominam, ze komentujemy kod uzywajac znaczka #), który generuje wynik. W razie problemów proszę o kontakt ze mną. UWAGA: proszę być przygotowanym na przedstawienie rozwiązania na zajeciach.

Lab 3 (15.11.2013)

Pętle, uliniowienie globalne

1. R

wywołanie funkcji w innej funkcji
funkcja paste
pętla for
wariancja

2. Uliniowienie globalne - algorytm Needleman’a-Wunsch’a

Zadanie zaliczeniowe (punkt 1 proszę przesłać do mnie mailem do 21.11 do godz. 18ej, punkt 2 prosze przynieść na kartkach na zajęcia 22.11.):

1. (0.25pkt.) policzyć minimalną, maksymalną, średnią i wariancje liczby genów na 24 chromosomach, napisac, dla ktorego chromosomu przyjmowana jest wartosc minimalna i maksymalna
2. (0.25pkt.) Na kartce policzyć uliniowienie globalne (algorytmem Needlemana-Wunscha w tabelce) dla dwóch ciągów nukleotydów o długościach 5 i 4, należy samemu zdefiniować parametry nagrody i kary, lub użyć te z zajęć

Do rozwiązania trzeba dodać kod (wraz z komentarzem, przypominam, ze komentujemy kod uzywajac znaczka #), który generuje wynik. W razie problemów proszę o kontakt ze mną.

Uwaga - zadanie nieobowiązkowe z poprzednich zajęćstaje się obowiązkowe i jest na 0.25 pkt.

Lab 2 (08.11.2013)

Wstęp do R (ciąg dalszy) i oraz analiza genomu człowieka

1. R - ciąg dalszy

NULL
!
sort i order
nrow, ncol, rownames, colnames
tworzenie nowych kolumn w tabelce i ich usuwanie
table

ćwiczenie:

a) najcięższej osoby
b) drugiej najcięższej osoby
c) k-tej najcięższej osoby (napisać odpowiednią funkcję)

2. przeglądarka UCSC

link do UCSC
różne wersje genomu (najbardziej aktualna to hg19)
tracki (czyli zbiory danych), ich pobieranie
cytobandy, centromery, czyli współrzędne genomu
geny

Zadanie zaliczeniowe (1 pkt., proszę przesłać do mnie mailem do 14.11 do godz. 12ej): Wybrac geny z zadanego chromosomu (jeśli kogoś nie było na zajęciach, to proszę skontaktować się ze mną) oraz napisać odpowiednie funkcje obliczające kolejne podpunkty:

policz geny
znajdz nazwę genu, który zaczyna się najpóźniej
znajdz nazwę genu, który zaczyna się jako k-ty od końca
(nieobowiązkowo) znajdź najdłuższy gen

Do rozwiązania trzeba dodać kod (wraz z komentarzem, przypominam, ze komentujemy kod uzywajac znaczka #), który generuje wynik. W razie problemów proszę o kontakt ze mną.

Lab 1 (04.10.2013)

Wstęp do R i analizy statystycznej

Zajęcia mają na celu m.in. przygotowanie Państwa do pracy w środowisku R. Następne zajęcia ze mną odbędą się 8 listopada, więc do tego czasu proszę utrwalić sobie przerobiony materiał. Zachęcam także do dodatkowych ćwiczeń we własnym zakresie.

Co było na zajęciach:

Środowisko pracy
- hasło i login
- wprowadzenie do Linuxa
- edytor i konsola
- strona lk.mimuw.edu.pl i jak dostać się własnego katalogu z domu
wstęp do R
- kalkulator: operacje matematyczne, /, ^, sqrt(), log, stała pi, exp(1)
- log jako przykład funkcji, argumenty funkcji, podręcznik (polecenie "?")
- zmienne, przypisanie <- lub =
- tworzenie wektora za pomocą 1:5 lub c(1,4,5)
- length()
- konkatenacja wektorów, odwrócenie wektora
- odwołanie się do elementów wektora, vec[-5], vec[c(1,4,2)]
- operatory logiczne, ==, >,
- operacje na wektorach takie jak vec > 0, potęgowanie wektora, dodawanie wektorów
- seq
- sum, prod, max, min,
- plot, opcje obrazków, zapisywanie obrazków do pliku
- which.max, which.min, which
- wartości NA, funkcja is.na
- argument na.rm w funkcji sum, max itp.
- polecenia uruchamiane z pliku komendą source
- ramka danych, odwoływanie się do poszczególnych pól
- operacje na plikach, read/write, pliki CSV
- funkcja, pisanie własnych funkcji
- R studio i jak korzystać z R pod Windows

Metody matematyczne w naukach biologicznych strona ćwiczeń prowadzonych przeze mnie

Lab 3043

Konsultacje: