 Nie jesteś zalogowany | zaloguj się |
| Nie jesteś zalogowany | zaloguj się |
Cotygodniowe seminarium badawcze (brak strony WWW)
2013-06-07, godz. 12:15, 3
Kamila Łyczek (Uniwersytet Warszawski)
Modele ekspresji genów zawierających opóźnienia czasowe
W analizowanych pracach proces ekspresji genów opisywany jest jako proces urodzin i śmierci z uwzględnieniem opóźnień. Analizowany jest głównie wpływ opóźnień na fluktuacje oraz zachowania funkcji korelacji w czasie.W pracy D. Bratsuna i innych "Delay-induced stochastic oscillation in ge...
2013-05-15, godz. 12:30, 3
Bogdan Nowakowski (Instytut Chemii Fizycznej)
Fronty i impulsy w układach chemicznych - dynamika deterministyczna i stochastyczna
W najbliższy piątek czyli 17 maja nie mamy seminarium.Natomiast zapraszamy w środę na Seminarium Zakładu Mechaniki i Fizyki Płynów ...
2013-05-10, godz. 12:15, 3
Marta Bogdał (UW i IPPT TEAM)
Type of the apoptotic logic gate determined by levels of Bad and Bcl-xL
Apoptosis is a tightly regulated process: cellular survive-or-die decisions cannot be accidental and must be unambiguous. Since the suicide program may be initiated in response to numerous stress stimuli, signals transmitted through a number of checkpoints have to be eventually integrated. In order ...
2013-04-26, godz. 12:15, 3
Dominika Nowicka (UW i IPPT TEAM)
Porównywanie par sekwencji aminokwasowych jest jednym z zagadnień przydatnych dla znajdowania i weryfikacji podobieństw między białkami. Do oceny istotności statystycznej takich porównań używa się m.in. testu tasowania sekwencji aminokwasowych. Pozwala on wygenerować zmienną losową odpo...
2013-04-19, godz. 12:15, 3
Margaritis Voliotis (University of Bristol)
The Fidelity of Dynamic Signaling by Noisy Biomolecular Networks
Cells live in changing, dynamic environments. To understand cellular decision-making, we must therefore understand how fluctuating inputs are processed by noisy biomolecular networks. Here we present a general methodology for analyzing the fidelity with which different statistics of a fluctuating in...
2013-04-12, godz. 12:15, 3
Mateusz Banach (Uniwersytet Jagielloński)
Metody Particle Swarm Optimization w optymalizacji wielokryterialnej i bioinformatyce
W związku z brakiem ujednoliconego modelu dla dwóch rodzajówoddziaływań występujących w strukturach białkowych: energii swobodnej oraz pomiędzy aminokwasami a środowiskiem wodnym (hydrofobowych), zachodzi potrzeba ich porównania. Ponieważ energia swobodna związana jest z parami atomów,...
2013-03-15, godz. 12:15, 3
Paulina Szymańska (MISDoMP UW)
Matematyczne i chemiczne podejście do pojęcia równowagi szczegółowej na przykładzie modelu Schlogla
W referacie najpierw przedstawię pojęcie równowagi szczegółowej w teorii prawdopodobieństwa. Na prostych przykładach zilustruję jej związki z odwracalnością w czasie łańcucha Markowa. Następnie na przykładzie modelu Schlogla pokażę, jak rozumiane jest to pojęcie w chemii i jaka jes...
2013-03-08, godz. 12:15, 3
Aleksandra Walczak (Laboratoire de Physique Théorique Ecole Normale Supérieure)
Przetwarzanie informacji w układach regulujących ekspresję genów
Wiele biologicznych układów regulacyjnych wewnątrz komórek można rozpatrywać jako elementy przekazujące informacje z wejść (np. stężenia czynników transkrypcyjnych lub innych cząsteczek sygnalizujących) do swoich produktów (np. poziom ekspresji różnych genów). W ramach ograniczeń ...
2013-03-01, godz. 12:15, 3
Michał Włodarczyk (Uniwersytet Warszawski)
Efektywny algorytm próbkowania rozwiązań równań różniczkowych
Często w modelowaniu zjawisk biologicznych dynamikę systemumożna opisać układem równań różniczkowych. Trudniej jest dobrać takie parametry równań, aby model faktycznie odpowiadał zebranym danym. W referacie przedstawię narzędzia matematyczne pozwalające efektywnie rozwiązywać powy...
2013-01-25, godz. 12:15, 3
Joanna Jaruszewicz (IPPT)
Wybrane metody rozwiązywania równania M na przykładzie modeli genu z autoregulacją
Omówię model genu z liniowym sprzężeniem zwrotnym z pracy Hornos et al 2005 "Self-regulating gene: An exact solution". Przedstawię zastosowaną w artykule metodę funkcji tworzących do znalezienia stacjonarnego rozkładu prawdopodobieństwa białka w układzie. Opowiem o moich dotychczasowych ...
